Pada Mei 1994, Parlimen Malaysia meluluskan Akta Larangan Import (pindaan bil.7) yang menarik balik sekatan import terhadap barangan Israel dan Afrika Selatan.

Tahun 1967, import Israel dari Malaysia meningkat lebih sekali ganda dari 272,000 dolar US dalam tahun 1966 kepada 565,000 dolar US tahun 1967. Dalam waktu yang sama eksport Israel ke Malaysia bertambah dari 1.1 juta dolar US kepada 1.7 juta dolar US.

Pada 7 April 1994, Malaysia mengharamkan filem Schindler's List, hasil arahan Steven Spielberg. Filem panjang ini menceritakan nasib malang masyarakat Yahudi Jerman yang diseksa oleh tentera Nazi Jerman.[6][7]

Pada Ogos 1984, persembahan New York Philharmonic yang sepatutnya diadakan di Kuala Lumpur telah dibatalkan. Komposernya ialah Ernst Bloch, seorang Yahudi.[8]

Pada 20 Februari 2012, kumpulan NGO Jingga 13 mendedahkan dokumen dari Kastam Diraja Malaysia, Wesport dan syarikat Zim Integrated Shipping Services Ltd bahawa kapal, Zim Atlantic, telah berlabuh di Pelabuhan Klang pada 16 Februari 2012. Kapal ini datang secara langsung dari pelabuhan Ashdod di Israel. Ketua penyelaras Jingga 13 Fariz Musa turut mendedahkan bahawa saham Zim Integrated Shipping Services Ltd tersenarai dalam Bursa Tel Aviv. Dokumen kebenaran belayar atau ‘sailing clearance’ dan dokumen penerimaan ejen penghantaran yang disahkan Kastam Diraja Malaysia. Rakaman video telefon pintar kehadiran dua kapal kargo, Zim USA dan Zim Atlantic di Pelabuhan Klang turut ditayangkan. Kapal Zim USA dan Zim Europa belayar terus dari Pelabuhan Ashdod, dipercayai kapal milik Zim turut belayar ke pelabuhan di Sabah dan Sarawak. Kehadiran kapal-kapal ini jelas menunjukkan hubungan diplomatik antara kedua-dua negara Malaysia-Israel yang sebelum ini dinafikan.

Pada 21 Februari 2012, Datuk Mukhriz Mahathir selaku Timbalan Menteri Perdagangan Antarabangsa dan Industri, menjelaskan bahawa kerajaan tidak melarang perdagangan antara syarikat swasta negara ini dengan ahli-ahli perniagaan Israel. Kapal-kapal yang dimiliki oleh Israel juga dibenarkan berlabuh di pelabuhan di Malaysia untuk tujuan perdagangan tetapi dengan syarat bahawa anak kapal yang memegang pasport Israel dilarang daripada mendarat.[9] [10]

Bukti signifikan tentang sebahagian hubungan perdagangan dapat dilihat semula dari kawsan padang pasir Kiryat Gat di Israel, dimana disana terletaknya syarkat global Intel yang menghasilkan cip komputer. Intel mengeksport cip primier terus ke Malaysia, berikutan kilang percantuman sekunder terletak di negara itu. Setiap bukti penghantaran dan perdagangan luar pesisir oleh Israel ke negara lain telah direkod dengan sewajarnya, tetapi acap kali dinafikan oleh Kerajaan Malaysia. Intel merupakan syarikat beribu pejabat di Amerika Syarikat, tetapi pemerintah Israel telah meletakkan dana pelaburan sebanyak 5 % di Kilang Intel Kiryat Gat. Hasilnya mencecah 1 bilion shekel ($290 juta). Walaubagaimanapun, rekod perdagangan rasmi sedang menempa arus perdaganga kuat khususnya secara bawah tanah, menyebabkan perkiraan terhadap nilai dagangan bertambah sukar dan kompleks.[11]

Menurut laporan rasmi akhbar Times of Israel, pada 14 September 2014, pihak Biro Pusat Perangkaan Israel (CBS) mendedahkan secara rasmi bahawa hubungan perdagangan Malaysia-Israel cukup besar, memberasangkan dan tidak begitu menonjol.[12]

Jumlah keseluruhan perdagangan antara kedua-dua negara pada tahun 2013 mencapai $1.529 bilion, hampir dua kali ganda dari jumlah dagangan tahun 2012, menurut CBS. Angka tersebut kebanyakan dijana oleh hasil eksport Israel ke Malaysia berjumlah $1.457 bilion. Dagangan diteruskan diantara bulan Januari dan Julai tahun 2014, eksport Israel ke Malaysia melonjak naik kepada $884.7 juta, pada anggaran 27% naik berbanding tahun sebelumnya.[13]

Menurut jurucakap Kementerian Luar Israel Paul Hirschson, hubungan perdangan ini merupakan batu loncatan supaya boleh lebih menjalinkan hubungan antara negara bermusuhan. Israel melabelkan jumlah perdagangan antara Israel dan Malaysia adalah sesuatu "kegembiraan yang mengejutkan", namun hubungan antara Indonesia dan Israel pula "lemah lagi mengecewakan".[14]

Paul menambah, “Israel banyak menjalankan aktiviti perdagangan dengan banyak negara yang tidak ada hubungan diplomatik secara rasmi dan kami (israel) gembira akan hal ini." Paul juga memberitahu bahawa tiada rahsia untuk mengadakan dialog berkala dengan negara-negara ini, tetapi Israel mengharapkan suapaya ada hubungan diplomatik dan pejabat perwakilan.[15]